Гора Маура. Так же, как и остальные "горы" национального парка она образована мореной. Маура является излюбленным местом посещения туристов. По ней проложена оборудованная экологическая тропа. На стендах, поставленных работниками национального парка, можно прочитать информацию о природе. Холм покрыт елово-широколиственным лесом с относительно большим разнообразием кустарников и трав.
Главные достопримечательности находятся на вершине "горы". Существует легенда, что преподобный Кирилл именно отсюда увидел место, где по Божьему помыслу надлежало поставить монастырь. На вершине лежит огромный камень, принесенный ледником. На его поверхности заметны выбоины, напоминающие след ступни человека. По легенде след оставлен святым Кириллом. Рядом с камнем установлен крест, а в нескольких метров от него - деревянная часовня, построенная и освященная в конце ХХ века. Можно подняться на ее колокольню и увидеть вдалеке над вершинами деревьев купола Кирилло-Белозерского монастыря.

Гора Сандырева. Холм образован конечной мореной Валдайского оледенения, содержащей большое количество известняка. Несколько десятков лет назад на вершине "горы" велась его добыча. Отличие Сандыревой от других "гор" национального парка в том, что она не покрыта лесом, поэтому с нее открывается великолепный вид во всех направлениях на окрестные леса и расположенные между ними озера, поля и деревни. Особенно живописен Волго-Балтийский водный путь с покрытыми лесом островами и изрезанной береговой линией.

Гора Цыпина. Самая высокая точка в национальном парке. Ее абсолютная высота 210,4 м, относительная высота - около 80 м. Большая часть "горы" покрыта лесом, меньшая - полями, используемыми под сенокосы. В лесу встречаются редкие и исчезающие растения, среди них - представители семейства орхидных. Под "горой" плещется живописное озеро Ильинское.

Сокольский бор. Лесной массив в юго-западной части национального парка на побережье Шекснинского водохранилища. Его протяженность с севера на юг около 8 км, с запада на восток - 5- 6 км. В лесу много земляники, черники и грибов. В восточной части массива расположено болото, на котором можно увидеть морошку. Встречается скопа - редкая хищная птица, занесенная в Красную Книгу России.
Берег водохранилища активно посещается многочисленными туристами, число которых в летний период постоянно составляет несколько сот человек. На побережье оборудованы стоянки, есть места для купания, хорошие условия для ловли рыбы. Большое количество отдыхающих приводит к высокой рекреационной нагрузке на прибрежную полосу.

Шалго-Бодуновский лес. Единственный памятник природы, находящийся в зоне строгой охраны и закрытый для посещения. Он находится в отдалении от асфальтовых дорог, населенных пунктов и привлекательных для отдыха водоемов, не имеет особой рекреационной ценности, зато важен для науки. Здесь сохранились остатки коренных лесов - сосново-еловых насаждений, когда-то довольно распространенных, а к настоящему времени исчезающих на территории Вологодской области. Также массив играет роль генетического резервата как место произрастания типичных южнотаежных и редких растений. Здесь зарегистрированы отдельные виды флоры, занесенные в Красную книгу РФ (венерин башмачок) и взятые под охрану в масштабах Вологодской области (плаун колючий, волчеягодник, княжик сибирский, медуница неясная, колокольчик крапиволистный и др).