Служба охраны территории и контроля режима природопользования осуществляет охрану природных комплексов и объектов, а также историко- культурных ценностей на территории национального парка.

Служба охраны проводит регулярный контроль действий отдыхающих в местах массового отдыха на предмет соблюдения правил поведения на особо охраняемой территории.

Существует много серьезных нарушений, связанных со строительством в береговой полосе возле водоёмов, неоднократно привлечены к административной ответственности лица, осуществляющие срезы - повреждения почвенного покрова на территории национального парка. Также часто встречающиеся нарушения - незаконная порубка леса, выезд на водоем на авторанспорте, нарушения правил рыболовства.

Отдел охраны активно взаимодействует с другими контролирующими органами: Росприроднадзором, Россельхознадзором, природоохранной прокуратурой, с отделом внутренних дел Кирилловского района осуществляются совместные рейды. Инспектора отдела охраны осуществляют контроль за соблюдением природоохранного режима, участвуют в рейдах по благоустройству эколого-познавательных маршрутов.

За март 2009 г. госинспекторами национального парка выявлено 13 нарушений. Из них 1 – нарушение по незаконной рубке, 9 – нарушений, связанных с незаконной рыбно ловлей. Рассмотрено 6 административных дел, наложено штрафов на 6 т.руб.
Изъято 25 орудий совершения административного правонарушения: 14 сетей, 11 капканов.