Основан в 1398 г. святым Ферапонтом, сподвижником святого Кирилла Белозерского, Монастырь имел двух основателей и назывался Ферапонтов-Белозерский Богородице - Рождественский Мартинианов монастырь. Основан в вотчине Можайского князя Андрея, сына Дмитрия Донского. Первоначально был небольшим и малочисленным, удалённым от селений и дорог. Число братии к началу XV в. составляло 10-15 монахов. Позже вдоль его стен пролёг большой тракт на Архангельск через Каргополь, по которому проходил торговый путь на Север, а также шли паломники в Соловецкий монастырь.

Ферапонтов монастырь является одним из самых прославленных религиозных центров в Белозерском крае. В 1447 - 1455 гг. Ферапонтов монастырь приобретает широкую известность. Являлся особым местом поклонения для многих представителей русской знати (Андрей и Михаил Можайские, Василий III, Иван IV и другие), часто использовался для хранения княжеских и боярских драгоценностей. На рубеже XV—XVI вв. из Ферапонтова монастыря вышли видные иерархи русской церкви— архиепископ Ростовский и Ярославский Иоасаф (Оболенский), епископ Пермский и Вологодский Филофей, епископ Суздальский Ферапонт.

В XVII в. монастырь сделался местом ссылки низложенного Патриарха Никона, который отбывал здесь ссылку , начиная с 1666 г. В 1676 г. после смерти царя Алексея Михайловича врагам Никона удалось настоять на переводе его в Кириллов монастырь, где престарелый и больной Патриарх провел последние 5 лет своей жизни в тяжком заключении. Он был освобождён по настоянию своего крестника – царя Фёдора Алексеевича, но по дороге в Воскресенский Ново-Иерусалимский монастырь скончался под г. Ярославлем. Кроме Патриарха Никона, ссыльными монастыря в разные периоды были митрополит Литовский и Киевский Спиридон-Савва, а также святитель Арсений (Мацеевич), митрополит Ростовский.

Здесь работали книгописцы Мартиниан, Филофей, Паисий, Матфей, Ефросин, иконописец Дионисий. В XVI веке происходит небывалый расцвет монастыря, о чем свидетельствуют сохранившиеся жалованные грамоты светских и духовных деятелей( прежде всего Ивана IV),монастырь являлся излюбленным местом богомолья для ВасилияIII,Елены Глинской и Ивана Грозного. Приобретение мощей святого Мартиниана и его канонизация также способствовали росту и расцвету монастыря.

В 1490 году ростовскими мастерами был выстроен первый каменный храм монастыря, с которого началось формирование архитектурного ансамбля обители, просуществовавшего до середины XVII в. Монастырь стал первой каменной постройкой во все Белозерье.В XVI в. в монастыре были выстроены монументальные церковь Благовещения ,трапезная и служебные постройки. После литовского разорения, в середине XVII в. в монастыре были возведены надвратные церкви на Святых вратах и колокольня. В 1798 году Ферапонтов монастырь был упразднен указом Синода. В 1904 году монастырь был возобновлен как женский, закрыт вновь в 1924. После изгнания насельниц богослужения ещё совершались до 1935 г., затем монастырь вошёл в состав Кирилловского краеведческого музея. В 1974 г. был открыт Музей фресок Дионисия. С 1989 г. возобновились богослужения Ферапонтовского прихода.

Ферапонтов монастырь является одной из древнейших святынь Православной Церкви. В соборе Рождества Богородицы до сих пор сохранился полный ансамбль фресок древнерусского иконописца Дионисия, созданный в 1502 году.

Особую роль для русской культуры и архитектуры играет собор Рождества Богородицы, построенный в 1502 г. Это уникальная сохранившаяся роспись выдающегося Дионисия, главного художника рубежа XV — XVI веков.После разрушения немецкими войсками в годы Второй мировой войны стенных росписей XII — XV вв. в Новгороде (Нередица, Волотово, Ковалево, Сковородка) фрески Дионисия остались единственным полностью уцелевшим образцом стенной живописи Древней Руси.

Монастырские постройки сегодня:

1. Собор Рождества Богородицы, 1490 г. Самый древний из сохранившихся каменных храмов Русского Севера. Большая часть икон вывезены, находятся в разных музеях, часть их находится в экспозиции Кирилло-Белозерского музея, иконостасная рама была уничтожена еще в 1930-е гг. Именно в этом соборе до настоящего времени сохранились фрески Дионисия.

2. Церковь Благовещения с Трапезной палатой,1530–1531 гг. Построены на царский вклад Василия III в честь рождения долгожданного наследника Иоанна IV.

3. Церковь-усыпальница преподобного Мартиниана, 1640–1641 гг. с пристройкой трапезы ХIX в. Сохранился иконостас (поздний) с иконами, киоты.

4. Святые врата, 1649 г. Над воротами (большими и малыми) выстроены надвратные церкви Богоявления с приделом во имя преподобного Ферапонта. Церкви полностью сохранили свою первоначальную архитектуру, включая каменные престолы, плиточный пол и прочее.

5. Казённая палата,1530-е гг. Редкое здание некультовой архитектуры. Музеем используется как фондовое помещение и библиотека, на первом этаже выставочное помещение.

6.Колокольня, конец ХVI в. В шатре колокольни имеются старинные башенные часы. Реставрация их не завершена.

7. Каменная ограда с небольшими угловыми башенками ,ХIХ и ХХ вв. До ХIХ в. ограда была деревянной.Келейные и хозяйственные постройки монастыря не сохранились, т.к. они были деревянными. За западной оградой монастыря бил источник преподобного Ферапонта, откуда верующие брали целебную воду, но с проведением дренажных работ на территории монастыря источник ушёл в землю.

Источник: Бочаров Г.Н., Выголов В.П. "Вологда, Кириллов, Ферапонтово, Белозерск", 1979 г.